講義名称：バイオメディカル情報解析実習(農学研究科 修士課程)
講義名称：バイオメディカル情報解析学 (情報科学研究科 修士課程)
講義名称：バイオメディカルゲノム情報解析実習(医科学専攻 修士課程/公衆衛生学専攻 修士課程)
講義名称：バイオメディカルゲノム情報解析トレーニング(医科学専攻 博士課程)

開講期間：前期開講  平成28年4月13日（水）～平成28年7月20日（水）
休講：
日時：水曜4コマ目（14時40分 〜 16時10分）
場所：第２セミナー室（教育研究基盤支援棟（旧仮設校舎）２階）
単位数：2
授業テーマ：バイオインフォマティクスの実践的な利用
キーワード：DNA、ゲノム情報、オミックス解析、プログラミング、スーパーコンピュータ
専門科目の扱い：「情報基礎」「システム」「応用情報」が授業を取ることが可能。

授業の目的と概要：
技術の進歩によりベンチトップ型の大量並列DNAシークエンサを用いて、全ゲノム規模のデータを取得できる時代になった。種々の生物から取得した大量配列データを解析して、変異の検出から結果の分析・解釈を行うプロセスを実践的に学ぶ。その過程で必要な、情報処理、確率統計、遺伝統計学を学ぶ。さらに、医学・生物学的に意味のある情報を抽出し、既存の生物学知識と統合して分析・解釈を行うプロセスを実践的に学ぶことを目指す。基礎的なコンピュータの使い方、プログラミング手法、解析ツール・諸データ形式などについて、授業及び実習を通じて理解を深める。

達成目標：
次世代シークエンサの原理、応用範囲について理解した上で、シークエンスデータの解析を行い、方法及び解析結果の解釈ができるようになる。プログラミング方法の習得と実践により、医学・生物学研究におけるデータ解析能力を高める。

※ノートパソコンを持参することを推奨するが、必要に応じてノートパソコンを貸し出す。

 

講師：
長崎正朗、山下理宇、山岸潤也（北海道大学 招聘）、河合洋介、小島要、山口由美、佐藤行人、柴田朋子、三澤計治

授業計画：

第01回：『本講義シリーズのガイダンス』4/13 ( 長崎 )

第02回：『遺伝学・分子生物学の基礎』4/20 ( 山下 )

第03回：『UNIXの基礎』4/27 ( 山岸 )

第04回：『プログラミング実習1』5/11 ( 河合 )

第05回：『プログラミング実習2』5/18 ( 河合 )

第06回：『ゲノム解析ツール・バイオデータリソースの紹介』5/25 ( 山下 )

第07回：『関連解析の基礎』6/1 ( 三澤 )

第08回：『ゲノム配列解析その1（DNA配列決定の原理と次世代シークエンサ）』6/8 ( 佐藤 )

第09回：『ゲノム配列解析その2（第三世代シークエンサについて）』6/15 (柴田 )

第10回：『ゲノム配列解析その3（アラインメント）』6/22 ( 小島 )

第11回：『ゲノム配列解析その4（変異コール）』6/29 (小島 )

第12回：『次世代シークエンスデータ解析実習』7/6 ( 長崎 )

第13回：『ヒトゲノム多型解析入門』7/13 (山口 )

第14回：『ゲノムデータを用いた実習』7/20 ( 各教員 )

 

成績評価方法：出席(30点)、小レポートと実習の成果(70点)により評価する。

準備学習等：
理系大学・学部で学ぶ程度の生物学の知識があることを前提に講義を行なう。不十分と感じる場合は以下の参考書の通読を薦める。

教科書または参考書(文献)：

• 『理系総合のための生命科学-第3版〜分子・細胞・個体から知る“生命”のしくみ』 （南江堂）
• 『遺伝統計学入門』 （岩波書店）
• 『遺伝学概説』（培風館）
• 『Pythonスタートブック』 （技術評論社）
• 『Perl の絵本』 （株式会社アンク）
• 『NGS Surfer’s Wiki』　http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php

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