Cell System Markup Language / Cell System Ontology
CSML (Cell System Markup Language) は、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するための XML フォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XML フォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、 CSML は OWL で記述したオントロジー言語 CSO (Cell System Ontology) を利用して定義しています。 CSO は、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、 CSO では各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。