TIGAR
概要
RNA-Seqデータから変分ベイズ法により転写産物アイソフォームの定量を行うソフトウェアです。
ギャップ付きアライメントを扱うことができます。
ソフトウェア
日本語解説記事
※引用について
このソフトウェアに関連した引用は以下の論文になります。
TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads
Naoki Nariai, Kaname Kojima, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata and Masao Nagasaki
BMC Genomics. 15(Suppl 10):S5 (2014)
TIGAR: transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference
Naoki Nariai, Osamu Hirose, Kaname Kojima and Masao Nagasaki
Bioinformatics. 29(18):2292-2299 (2013)