インシリコ・メガバンク研究会 :2013年度活動報告

第26回インシリコ・メガバンク研究会(4月19日)
タイトル:Information Theoretic Analysis of Long non-coding RNA as a gene expression control mechanism
講師:George Chalkidis ( Institute of Medical Science, The University of Tokyo)

第27回インシリコ・メガバンク研究会(4月26日)
タイトル:プライバシー保護データマイニング技術の動向と医療統計への応用
・講師:高橋克巳(NTTセキュアプラットフォーム研究所)

第28回インシリコ・メガバンク研究会(5月10日)
・タイトル:神経突起伸長に関与するキナーゼ推定のためのデータマイニング手法の適用
・講師:吉田裕司(奈良先端科学技術大学院大学博士前期課程)

第29回インシリコ・メガバンク研究会(5月17日)
・タイトル:医療3.0:孫正義を驚かせたモバイルコンピューティングが切り開く医療の未来
・講師:畑中洋亮(株式会社アイキューブドシステムズ取締役)

第30回インシリコ・メガバンク研究会(5月24日)
・タイトル:ヒトゲノムの進化における自然選択と遺伝的浮動の役割
・講師:長田 直樹(国立遺伝学研究所)

第31回インシリコ・メガバンク研究会(6月10日)
・演題:ビフィズス菌投与による抗アレルギー作用
・講師:小田巻 俊孝(森永乳業株式会社食品基盤研究所)

第32回インシリコ・メガバンク研究会(7月5日)
タイトル:ポストゲノムワイド関連解析による易罹患性予測モデル構築と疾患感受性転写制御メカニズム解明
講師:中岡 博史(国立遺伝学研究所)

 第33回 「インシリコ・メガバンク研究会」 

平成25年7月26日(金)
講師:クリユコフ・キリル - Kryukov Kirill(国立遺伝学研究所)
タイトル「ゲノム多重配列アラインメントのためのツール」
場所:東北大学 星陵キャンパス  東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1
・演題:MISHIMA a tool for genomic multiple sequence alignment

・概要:
MISHIMA is a multiple DNA sequence alignment method that uses heuristics for quickly finding
regions of high similarity betweensequences.
MISHIMA operates by locating rare DNA fragments shared by multiple sequences and using them
as alignment anchors. This technique allows aligning multiple bacterial genomes in short time.
Here we present the improved version 2 of MISHIMA aligner. Sensitivity of the aligner has
been improved by using only certain positions within the analyzed DNA words.
Another improvement concerns the choice of the word length. In the original MISHIMA a fixed
user-specified word length was used. Now it is chosen dynamically and automatically during
the alignment process. Also MISHIMA can now better handle circular DNA sequences.
The improved MISHIMA aligner has been tested on a range of bacterial and fungal genomes.

第34回インシリコ・メガバンク研究会(8月2日)
・演題:天然変性タンパク質の分子進化
・講師:河合洋介(前橋工科大学)

第35回インシリコ・メガバンク研究会(10月16日)
・演題:科捜研の業務内容 -DNA型鑑定を中心に-
・講師:平田智士(宮城県警察科学捜査研究所)

第36 回インシリコ・メガバンク研究会(10月18日)
・演題:秘密計算によるデータベース検索 ―ゲノムデータベースへの応用を目指して―
・講師:清水佳奈(産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター)【CBRCミニシリーズ】

第37回インシリコ・メガバンク研究会(10月18日)
・演題:Gaussian Markov Random Fields and Network Reconstruction
・講師:Patricia Menendez(School of Mathematics and Physics, University of Queensland, Australia)

第38回インシリコ・メガバンク研究会(11月8日)
・演題:NBDCヒトデータベース ヒトデータ共有ガイドラインと ヒトデータ提供・利用申請の紹介
・講師:川嶋実苗(科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター)

第39回インシリコ・メガバンク研究会(11月15日)
・演題:HLA遺伝子領域の特殊性とHLA関連解析
・講師:大橋順(筑波大学大学院医学医療系分子遺伝疫学研究室)

第40回インシリコ・メガバンク研究会(12月6日)
・演題:一般化t統計量の漸近的性質の考察とその実データ解析への応用
・講師:小森理(統計数理研究所)

第41回インシリコ・メガバンク研究会(12月10日)
・演題:最近のカーネル法として正定値カーネルを使ったベイズ推論の話題
・講師:西山悠(統計数理研究所)

第42回インシリコ・メガバンク研究会(12月13日)
・演題:種間比較から遺伝子量補償機構の進化を探る
・講師:野澤昌文(国立遺伝学研究所)

第43回インシリコ・メガバンク研究会(12月20日)
・演題:患者由来iPS細胞をもちいたレット症候群トランスクリプトーム解析
・講師:田中義章(Yale大学)

第44回インシリコ・メガバンク研究会(1月17日)
・演題:脊椎動物嗅覚受容体遺伝子の進化 -環境に応じて変化するゲノム-
・講師:新村芳人(東京大学大学院農学生命科学研究科)

第45回インシリコ・メガバンク研究会(2月18日)
・演題:日本列島人のDNA進化:その過去と現在
・講師:斎藤成也(国立遺伝学研究所)

第46回インシリコ・メガバンク研究会(2月21日)
【CBRCミニシリーズ】
・演題:Adapting classic statistical alignment to modern high-throughput DNA
・講師:Martin Frith(産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター)

第47回インシリコ・メガバンク研究会(2月28 日)
【CBRCミニシリーズ】
・演題:Discovering Combinatorial Gene Interactions in High-Dimensional Data
・講師:David duVerle(産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター)