長﨑研究室紹介

 
 

本研究室は、ゲノム情報などのライフサイエンス分野における超大規模ヘテロデータに対し、情報科学・数理統計学の知識を基にスーパーコンピュータを活用して解析を行い、新たな知識を発見するための研究を行っています。十年前の国際ヒトゲノムプロジェクトでは、各国の多数の研究者が数千億円以上かけ、ヒト一個体分に相当するリファレンスゲノムを解読しました。現在、個々人をターゲットとし、少量の血液から簡便に短時間でパーソナルゲノムを決定できる時代を迎えつつあります。それに伴い、ゲノムの他オミクス情報やそれに付随するバイオメディカル情報(医療情報、アンケート情報、生理学検査情報)、すなわち超ヘテロビックデータを解析するための技術革新が求められています。いままさにデータ駆動型サイエンスへのパラダイムシフトを迎えています。このデータに切り込むにあたり、当分野は、情報科学、バイオインフォマティクス、数理統計学、集団遺伝学、分子進化学などを専門とするスタッフ陣が連携し研究を推進しています。各学生の興味に応じた大規模計算技術、データ解析、統計モデリング、効率的なアルゴリズム開発、ソフトウェア開発などの研究指導を行い、情報科学の立場からライフサイエンスへの貢献を目的とした、ビッグデータを自在に解析できるデータサイエンティストを育成します。

個人ゲノムの大規模解析による知識発見と医療応用

DNA情報爆発に対応したビッグデータ解析技術の開発とデータ駆動型研究の推進

 

 

研究キーワード

Bioinformatics / 生命情報学
Population genetics / 集団遺伝学
Statistical genetics / 遺伝統計学
Human Genetic variation / ヒトゲノム多型
Huge scale data processing / 大規模データ処理
High performance sequencing / 次世代DNAシークエンス
Data-driven knowledge discovery / データ駆動型知識発見
Multi-omics approach / 多層オミクス解析
Mitochondrial disease / ミトコンドリア病
Preventive medicine / 予防医療

少し広いですので、いままで行ってきた・きている研究に関わる情報科学に関連するキーワードをあげますと、

Modeling / Petri net (モデリング / シミュレーション / ペトリネット)
Format / XML / Ontology / OWL (XML / オントロジー / オウル)
Data Structure and algorithm (データ構造とアルゴリズム)
Model Validation/ Model Checking/ Data Assimilation / Model Selection(モデル検証 / モデル検査 / データ同化 / モデル選択)
Database [データベース)
Optimization / Greedy Search / (最適化 / 貪欲法)
Visualization / Graph layout Algorithm (視覚化 / グラフレイアウト)
High performance computing / Cloud computing (ハイパフォーマンスコンピューティング / クラウドコンピューティング)
Software Development (ソフトウェア開発)

Bioinformatics, Systems Biologyに関連するキーワードだと

Metabolic Pathway / Signal Transduction Pathway / Gene Regulatory Network (代謝経路、シグナル伝達経路、遺伝子制御ネットワーク)
Biological Pathway Modeling and Simulation (生体パスウェイモデル&シミュレーション)
Gene Expression Analysis  (遺伝子発現データ解析)
Pathway Database (パスウェイデータベース)
Pathway Layout Algorithm (生体内パスウェイのレイアウト)
Pathway Data Assimilation (生体内パスウェイモデルのデータ同化)
Pathway Model Validation and Checking (パスウェイモデルのモデル検証と検査)
HiT-seq pipeline development (シーケンスデータのパイプライン開発)
HiT-seq (DNA/RNA/Chip Sequence) Analysis (シーケンスデータ解析)

IT技術に関係するキーワードだと

Java / Python / Xen / VMWare / WebSocket / javascript
html5 / canvas / php / tomcat / hibernate / eclipse / scala
mysql / postgresql / univa grid engine / lustre

のようなものが該当します。

 

また、以下の共同研究を行っています。

研究題目:妊婦の時系列でのオミクス、ゲノム情報と日々のライフログとの統合情報解析
研究期間:平成26年11月19日から平成31年3月31日
共同研究先:株式会社NTTドコモ

研究題目:インピューテーション技術・エスニックアレイ開発
研究期間:平成26年10月1日から平成29年3月31日
共同研究先:株式会社東芝

バイオメディカル情報解析分野パンフレット