講義名称：バイオメディカル情報解析学 (情報科学修士)
講義名称：バイオメディカル情報解析実習 (医学系修士 / 農学系修士)
開講期間：前期開講 平成26年4月16日（水）～平成26年7月23日（
日時：水曜4コマ目（14時40分 〜 16時10分）
場所：医学部1号館2F 第2セミナー室 （但し、4/23, 5/28は臨床小講堂（臨床講義棟１階））
単位数：2
授業テーマ：バイオインフォマティクスの実践的な利用
キーワード：DNA、ゲノム情報、オミックス解析、プログラミング、スーパーコンピュータ
専門科目の扱い：「情報基礎」「システム」「応用情報」が授業を取ることが可能。
達成目標：
次世代シークエンサの原理、応用範囲について理解した上で、シークエンスデータの解析を行い、方法及び解析結果の解釈ができるようになる。
授業の目的と概要：
技術の進歩によりベンチトップ型の大量並列DNAシークエンサを用いて、全ゲノム規模のデータを取得できる時代になった。種々の生物から取得した大量配列データと情報科学・遺伝統計学の知識に立脚して、生物学的に有為な情報を抽出し、既存の生物学知識と統合して分析・解釈を行うプロセスを実践的に学ぶことを目指す。基礎的なコンピュータの使い方、プログラミング手法、解析ツール・諸データ形式などについて、授業及びグループ実習を通じて理解を深める。
講師：
長崎正朗、山下理宇、佐藤行人、小島要、成相直樹、山岸潤也、山口由美、河合洋介
授業計画：
第０１回：『本講義のガイダンスとグループ分け』4/16 ( 長崎 )
第０２回：『ゲノム遺伝学１（バイオインフォマティクスに必須な分子生物学知識）』4/23 ( 山岸 )
第０３回：『ゲノム遺伝学２（遺伝統計学の理論的基礎）』5/7 ( 山口 )
第０４回：『UNIX コマンドでコンピュータを操る』5/14 ( 山岸 )
第０５回：『Perlを使ったプログラミング実習１』5/21 ( 河合 )
第０６回：『Perlを使ったプログラミング実習２』5/28 ( 河合 )
第０７回：『ゲノム解析ツール・リソースの紹介』6/4 ( 山下 )
第０８回：『ゲノム配列解析その１ 次世代シークエンサとは何か）』6/11 ( 佐藤 )
第０９回：『ゲノム配列解析その２（アライメント）』6/18 ( 成相 )
第１０回：『ゲノム配列解析その３（変異コール）』6/25 ( 小島 )
第１１回：『次世代シークエンスデータ解析実習』7/2 ( 長崎 )
第１２回：『ゲノム多型解析入門（ヒトゲノムデータを用いて）』7/16 ( 山口 )
第１３回：『ゲノムデータを用いた実践グループ実習）』7/23 ( 各教員 )
成績評価方法：出席(30点)、小レポートとグループ実習の成果(70点)により評価する。
準備学習等：
理系大学・学部で学ぶ程度の生物学の知識があることを前提に講義を行なう。不十分と感じる場合は以下の参考書の通読を薦める。
教科書または参考書(文献)：
- 『理系総合のための生命科学-第3版〜分子・細胞・個体から知る“生命”のしくみ』 （南江堂）
- 『遺伝統計学入門』 （岩波書店）
- 『Perl の絵本』 （株式会社アンク）
- 『NGS Sufer’s Wiki』 http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php
Downloads :
※初回講義で実施したアンケートは下記よりダウンロードいただけます。
[wpdm_file id=1][wpdm_file id=2]
<第06回>実習で使用するファイル
DRX001619_UnifiedGenotyper.vcf