バイオメディカル情報解析学(平成26年度)

講義名称:バイオメディカル情報解析学     (情報科学修士)
講義名称:バイオメディカル情報解析実習     (医学系修士 / 農学系修士)

開講期間:前期開講  平成26年4月16日(水)~平成26年7月23日(水)
日時:水曜4コマ目(14時40分 〜 16時10分)
場所:医学部1号館2F 第2セミナー室 (但し、4/23, 5/28は臨床小講堂(臨床講義棟1階))
単位数:2
授業テーマ:バイオインフォマティクスの実践的な利用
キーワード:DNA、ゲノム情報、オミックス解析、プログラミング、スーパーコンピュータ
専門科目の扱い:「情報基礎」「システム」「応用情報」が授業を取ることが可能。

達成目標:
次世代シークエンサの原理、応用範囲について理解した上で、シークエンスデータの解析を行い、方法及び解析結果の解釈ができるようになる。

授業の目的と概要:
技術の進歩によりベンチトップ型の大量並列DNAシークエンサを用いて、全ゲノム規模のデータを取得できる時代になった。種々の生物から取得した大量配列データと情報科学・遺伝統計学の知識に立脚して、生物学的に有為な情報を抽出し、既存の生物学知識と統合して分析・解釈を行うプロセスを実践的に学ぶことを目指す。基礎的なコンピュータの使い方、プログラミング手法、解析ツール・諸データ形式などについて、授業及びグループ実習を通じて理解を深める。

講師:
長崎正朗、山下理宇、佐藤行人、小島要、成相直樹、山岸潤也、山口由美、河合洋介

授業計画:

第01回:『本講義のガイダンスとグループ分け』4/16 ( 長崎 )

第02回:『ゲノム遺伝学1(バイオインフォマティクスに必須な分子生物学知識)』4/23 ( 山岸 )

第03回:『ゲノム遺伝学2(遺伝統計学の理論的基礎)』5/7 ( 山口 )

第04回:『UNIX コマンドでコンピュータを操る』5/14 ( 山岸 )

第05回:『Perlを使ったプログラミング実習1』5/21 ( 河合 )

第06回:『Perlを使ったプログラミング実習2』5/28 ( 河合 )

第07回:『ゲノム解析ツール・リソースの紹介』6/4 ( 山下 )

第08回:『ゲノム配列解析その1 次世代シークエンサとは何か)』6/11 ( 佐藤 )

第09回:『ゲノム配列解析その2(アライメント)』6/18 ( 成相 )

第10回:『ゲノム配列解析その3(変異コール)』6/25 ( 小島 )

第11回:『次世代シークエンスデータ解析実習』7/2 ( 長崎 )

第12回:『ゲノム多型解析入門(ヒトゲノムデータを用いて)』7/16 ( 山口 )

第13回:『ゲノムデータを用いた実践グループ実習)』7/23 ( 各教員 )

 

 

成績評価方法:出席(30点)、小レポートとグループ実習の成果(70点)により評価する。

準備学習等:
理系大学・学部で学ぶ程度の生物学の知識があることを前提に講義を行なう。不十分と感じる場合は以下の参考書の通読を薦める。

教科書または参考書(文献):

  • 『理系総合のための生命科学-第3版〜分子・細胞・個体から知る“生命”のしくみ』 (南江堂)
  • 『遺伝統計学入門』 (岩波書店)
  • 『Perl の絵本』 (株式会社アンク)
  • 『NGS Sufer’s Wiki』 http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php

 

Downloads :

※初回講義で実施したアンケートは下記よりダウンロードいただけます。
[wpdm_file id=1][wpdm_file id=2]

<第06回>実習で使用するファイル
DRX001619_UnifiedGenotyper.vcf