長﨑教授が第2回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウムにて招待講演(3月25日)

3月25日(土)長﨑教授が第2回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウムで招待講演を行います。

・日時:平成29年3月25日(土)第2部 講演 セッション2. 12:20
・場所:鉄門記念講堂
・セッション&テーマ:ゲノム医学
・講演タイトル:日本人の全ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス

第82回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(2月10 日)

第82回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は大阪大学免疫学フロンティア研究センター・Alexis Vandenbon 先生を講師としてお迎えし、「Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system」というタイトルで講演していただきます。

・日時:平成29年2月10日(金)  5:00‐6:30 pm
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題:Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system
・講師:Alexis Vandenbon (大阪大学免疫学フロンティア研究センター) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。

・概要:Large amounts of experimental data available in public databases contain an enormous potential for elucidating gene regulatory interactions. However, in practice it is difficult to extract new knowledge or hypotheses from such data. One obstacle is the study-specific biases or batch effects that are present in the original data. Although gene coexpression is often used for inferring biological networks, how batch effects influence such networks is not well studied. Here, we prepared a large collection of gene expression data for 24 cell types of the mouse immune system. We found widespread batch effects in this data, and showed that they strongly affect gene coexpression estimates. Removal of batch effects considerably improved the consistency between inferred correlations and prior knowledge. Using the processed data, we constructed Immuno-Navigator, a batch-corrected gene coexpression database. Using our database, we generated hypotheses about candidate regulators in specific immune cells. In one application we successfully predicted known regulators of importance in naturally occurring Treg cells from their expression correlation with a set of Treg-specific genes. For one high-scoring gene, integrin β8 (Itgb8), we experimentally confirmed an association between Itgb8 expression and Treg-specific epigenetic remodelling. We believe that Immuno-Navigator (sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/immuno-navigator/) will be of great use for generating hypotheses for specific cell types in studies of the immune system.

・世話人:寺口俊介、長﨑正朗

長﨑教授が東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会にて口頭発表(1月27日)

1月27日 (金)  長﨑教授が東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会にて口頭発表を行います。

・日時:平成29年1月27日 (金) 14:25-14:40
・場所:東北メディカル・メガバンク棟1階 講堂 (正式名称 6 号館 1 階 講堂)
・テーマ&セッション:Panel 1 ゲノム・オミックス
・講演タイトル:2049人の日本人全ゲノムリファレンスパネルと今後

第81回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成29年2月2日)

第81回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は東京大学大学院理学系研究科・田嶋文生教授を講師としてお迎えし、DNAレベルの遺伝的変異に関する数理理論について講演していただきます。
・日時:平成29年2月2日(木) 15:30‐17:00
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/access/access01 
・演題: DNAレベルの遺伝的変異に関する数理理論
・講師:田嶋文生(東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。 

・概要:集団中には多量の遺伝的変異が維持されています。遺伝的変異は,以前はタンパク質や血液型の多型により検出されていましたが,現在ではDNA配列に基づいたDNA多型として検出されています。遺伝的変異の維持機構として,自然選択説や中立説が提唱されています。遺伝的変異の量やパターンは、さまざまな要因(集団の大きさ、突然変異率、自然選択、集団構造など)によって決定されます。観察された遺伝的変異の量とパターンから、これらの要因を推測できるのであろうか。これは非常に重要な問題です。このためには,観察結果を解析する統計的方法と数理理論の構築が必要となります。本講演では、わたしがこれまで行なってきた研究結果に基づいて、単純なモデルの下で期待されるDNAレベルの遺伝的変異(DNA多型)の量とパターンを紹介します。 

・世話人:三澤計冶、長﨑正朗

第80回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成29年1月13日)

第80回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター・工樂樹洋先生を講師としてお迎えし、「脊椎動物の発生制御遺伝子ファイロームを糸口にヒトゲノムの成り立ちを探る」というタイトルで講演していただきます。

・日時:平成29年1月13日(金) 17:00‐18:30
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題:脊椎動物の発生制御遺伝子ファイロームを糸口にヒトゲノムの成り立ちを探る
・講師:工樂 樹洋(理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。

・概要:非モデル生物におけるオミクス解析の可能性が大きく拡がったことも相まって、ゲノムワイドな視点とデータ駆動型アプローチを取り入れ、より大局的に分子進化と表現型進化の関わりを論じることが可能となった。私は、分子系統学やゲノム情報学の視点から、脊椎動物の発生制御遺伝子のレパートリの種間比較を行ってきた。その過程で、いわゆる「ツールキット遺伝子」の保存性などのEvoDevoの基礎知識の中に、極度に単純化されて広まってしまったと思わざるを得ない事例をいくつか見出した。たとえば、ショウジョウバエのeyeless遺伝子に対する脊椎動物のオーソログとされるPax6遺伝子には、いわゆる2Rゲノム倍化で重複したPax4およびPax10という、これまであまり注目されてこなかった姉妹遺伝子がある。このような「忘れられた」遺伝子として、ほかにBmp16やHox14、FoxG2、FoxG3などを見出している。「忘れられた」おもな理由は、これらが、複数の系統で独立にゲノムから消えていったからであるが、他にも、配列の進化速度が速く、そして、発現する部位が限局しているという共通の特徴がある。こういった「忘れられた」遺伝子の発見の助けになったのは、軟骨魚類など脊椎動物の進化の中で比較的早い時期に分岐した系統に属する生物のゲノム情報であり、私自身の研究室でも複数種のゲノム情報を整備中である。本セミナーでは、ヒト以外の脊椎動物のゲノム情報生産とその完成度の評価についての技術的な側面を紹介するとともに、上記の「忘れられた」遺伝子の解析から得られた、ヒトゲノムの構築にも関する新たな仮説について考察する。 

・世話人:柴田朋子、三澤計冶、長﨑正朗

長﨑教授がゲノムテクノロジー第164委員会第5期キックオフシンポジウムにて招待講演(11月15日)

11月15日(火)長﨑教授がゲノムテクノロジー第164委員会第5期キックオフシンポジウムで招待講演を行います。

・日時:平成28年11月15日(火)第2部 ゲノム医学 16:00-16:30
・場所:時事通信ホール
(〒104-8178 東京都中央区銀座5-15-8)
・セッション&テーマ:ゲノム医学
・講演タイトル:日本人ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス

第78回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成28年11月16 日)

第78回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は国立国際医療研究センター・溝上雅史先生を講師としてお迎えし、B型肝炎ウイルス感染症における宿主要因の検討について講演していただきます。

・日時:平成28年11月16日(水) 18:30‐19:30
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階大会議室 
・演題:B型肝炎ウイルス感染症における宿主要因の検討
・講師:溝上雅史(国立国際医療研究センター研究所) 

・概要:本邦における肝がんは、その70%がB型、C型肝炎ウイルス(HBV, HCV)によるが、部位別がん死亡数の4位に、WHOよると世界的には第7位に位置し公衆衛生上大きな問題となっている。HCVについては近年の治療法の進歩によりHCVによる肝がんは現在確実に減少しつつあり2030年には希少疾患になると予想される。しかし、HBVに対する治療法はHBVの増殖を抑えるだけで、根本治療であるHBVの排除は目処がたっていないのが現状である。一般的に感染症の病態は原因病原体と感染個体の相互反応により決定されるが、HBVについては、その感染者の約90%は一生無症状で経過すのに対し約10%が肝がんに進展すると明らかにされているにも関わらず、両者の要因は技術的問題もありHBVのウイルス要因だけしか検討されてこなかったが、無症状経過例と肝がん進展例の違いを見出すことは出来ていない。そこで我々は過去10年間でIRBなどの各種手続きを済ませた全国の各種肝臓専門病院から臨床情報を付加された約3,500検体のゲノムや血清を収集した。そして、現在ウイルス側要因として、HBVDNAの配列決定と宿主因子としてGWASを行っているところである。今回AMEDより研究費を頂いたので、さらに詳細な宿主要因についてToMMoとの共同研究で明らかにしたいと思っている。そこで、本講演ではHBV研究の現状と問題点、さらにToMMoとの共同研究の可能性についてdiscussionできればと思っている。 

・世話人:長﨑正朗

研究員(助手・助教)募集

バイオメディカル情報解析分野ではゲノム医療実現推進プラットフォーム事業(Platforms Program for Promotion of Genome Medicine 略称 P3GM)の先端ゲノム研究開発(Advanced Genome Research and Bioinformatics Study to Facilitate Medical Innovation 略称 GRIFIN)の研究課題の1つ「日本人大規模全ゲノム情報を基盤とした多因子疾患関連遺伝子の同定を加速する情報解析技術の開発と応用」(平成28年9月~平成33年3月末)においてゲノム情報を中心としたバイオインフォマティクス情報解析を推進するため研究員(助手・助教)を1名募集します。適任者が見つかり次第応募は終了します。(募集要項詳細

第77回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成28年11月10日)

第77回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は国立感染症研究所・矢原耕史先生を講師としてお迎えし、「種内多数のゲノムデータから組換えの痕跡と集団構造を推定する手法とその応用」というタイトルで講演していただきます。

・日時:平成28年11月10日(木) 17:00‐18:30
・場所:東北大学医学部6号館1階 カンファレンスルーム2
・演題:種内多数のゲノムデータから組換えの痕跡と集団構造を推定する手法とその応用
・講師:矢原耕史(国立感染症研究所)

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。

・概要:突然変異と組換えは、ゲノムに多様性を生み出す、生物の適応進化の源である。突然変異率はゲノム内の特定の領域で高いことが知られ、その疾患との関係が注目されている。一方、組換えは、突然変異よりも検出が難しく、その回数をゲノムに沿って推定すること自体が難問である。今回のセミナーの前半では、病原細菌の種内多数のゲノムデータを用い、ゲノムに沿って1塩基レベルで組換え率の指標を計算し、環境適応に重要な役割を果たす組み換えの「ホット領域」を推定するための新たな手法と、病原細菌計11種への応用を紹介する。セミナーの後半では、集団レベルのゲノムデータ解析にあたってしばしば最初に行うべき集団構造の推定について、第1ステップとしてゲノム全域の組み換えの痕跡を検出する方法が、微細な集団構造を明らかにすると同時に、集団間の遺伝情報フローを定量的に理解する上で有用であることを紹介する。

・世話人:河合洋介、長﨑正朗