第25回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回はミュンスター大学のマカロウスキー先生を講師としてお迎えし、「脊椎動物のグロビンの進化」について講演していただきます。

・日時：平成25年3月15日(金)　17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access01.html
・演題：Natural history of vertebrate globins
・講師： Prof. Wojciech Makalowski ( Institute of Bioinformatics, University of Muenster)

・概要：　Globins are small heme proteins that bind various external ligands, such
as oxygen or nitric oxide, and they are found in all kingdoms of life.
Vertebrate genomes harbor seven different globin types, including prominent
hemoglobin (Hb) and myoglobin (Mb). Tetrameric Hb is present in
erythrocytes and transports oxygen via blood to the inner tissues. The
monomeric, muscle-specific myoglobin, on the other hand, stores oxygen,
enhances the oxygen diffusion to the muscle cells and detoxifies nitric
oxide. Five recent additions to vertebrate globin repertoire are cytoglobin
(Cygb), neuroglobin (Ngb), globin X (GbX), globin E (GbE) and globin Y
(GbY). It has been suggested that the GbE and Mb genes, as well as the GbY
and proto-Hb genes, are the paralogous products of tandem gene duplications
that occurred early in the evolution of vertebrates. In contrast, Ngb and
GbX derive from independent duplication events that occurred before the
split of Deuterostomia and Protostomia. To date little is known regarding
the functions of the novel globin proteins. I will focus on our recent
evolutionary studies of Ngb and GbX in which we demonstrated ancestry of
these two globins reaching dating back to origins of metazoans.

・世話人：山口由美、長﨑正朗

第24回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。

・日時：平成25年2月22日(金)　17：00‐19：00

・場所：東北大学青葉山キャンパス電子情報システム 応物系3号館303 http://www.eng.tohoku.ac.jp/map/?menu=campus&area=g&build=02

・演題： Allinea DDT/MAPを用いたMPI/CUDAプログラミング

・講師：イアン・ラム（Ian Lumb　Allinea社シニアシステムエンジニア）

・概要：ゲノム情報がシークエンシング技術の発展によりムーアの法則を超える勢いで情報化が進んでいる。これらのデータ解析には超並列での解析などが今後必須となる。このような超並列ソフトウェア解析において悩ましいのが並列化によるソフトウェアのデバッグの難しさである。本セミナーでは、欧米では著名な計算機センターで導入実績があり、また、国内では、筑波大学、高度情報科学技術研究機構(RIST)、宇宙航空研究開発機構(JAXA)などで導入されている、並列解析において簡便に使える並列デバッガの１つであるAllineaDDT/MAPの紹介を開発の実務担当者が行う。セミナーを通じて、現時点でできること今後の課題などについてデモを通じて紹介を行う。

世話人：長﨑正朗、成相直樹

第23回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますので
ご案内いたします。
今回は国立がん研究センター加藤護先生をお迎えし、講演していただきます。
皆様のご参加をお待ちしております。

・日時：平成25年2月8日（金）17:00～18：30

・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1

・講師：加藤 護（国立がん研究センター）

・演題：臨床シークエンシングのための次世代シークエンサー・プラットフォーム比較とコンピュータシステムの開発

・概要：　ICGC
（国際がんゲノムコンソーシアム）やTCGA（がんゲノムアトラス）などの大規模プロジェクトによってがんに特異的なDNA変異がカタログ化されているが、この成果を臨床現場とつなぐために臨床シークエンシングが実施されつつある。臨床シークエンシングとは、病院で得られた臨床サンプルを次世代シークエンサーで配列決定して、カタログと突き合わせて意味を取り、適切な抗がん剤の選択などを行う個別化医療実現のための枠組みである。国立がん研究センターでは来年度からの運用を目標に臨床シークエンシングのシステム開発を行っており、我々のユニットではシークエンスデータを処理するコンピュータシステムの開発と、Ion
Torrent,
HiSeq/MiSeqといったシークエンスデータの比較分析を担当している。今回のセミナーでは、現在進行中のこれらの話題について、我々の経験による各プラットフォーム・データの特徴や、適切なアルゴリズムの選択などについて論じたい。

・世話人：長崎正朗

インシリコ・メガバンク研究会第２２回の開催お知らせ
日時：１月１７日（木）１６：３０－１８：００

場所：東北大学医学部　メガバンク棟会議室１　２F

Affiliation: Department of Computer Science and Electrical
Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA
02139

Name: Tatsu Hashimoto (橋本龍範)

Title : A small set of transcription factors governs global chromatin
structure (一部の転写因子によるクロマチン全体の状態制御解析)

世話人：長﨑正朗

[2012 Bilateral Workshop]
12/12 11:00-12:00 Plenary Session 1 [Meeting Room Shippo]

Prof.Masao Nagasaki
(Tohoku Medical Megabank Organization, Tohoku University)
Title: Data Management and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data on the Massive Parallel Supercomputer Environment and Future
（英語での講演になります）
http://www.smapip.is.tohoku.ac.jp/~dex-smi/2012/BW-Tohoku-TsingHua-201212/
場所：Place
Hotel Sakan,Yumoto Akiu, Taihaku-Ku, Sendai 982-0241, Japan
宮城仙台：秋保温泉 伝承千年の宿佐勘
http://www.sakan-net.co.jp/access/

第18回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。

・日時：平成24年11月30日(金)　17：00‐18：30

・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1
http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access.html

・演題： ミトコンドリアゲノム特性の進化的保存性と機能低下・疾患への視点
・講師：佐藤行人氏（国立遺伝学研究所）
・概要：脊椎動物ミトコンドリアゲノムの遺伝子配置は、魚類から哺乳類に至るまで5億年以上保存されているが、その機能的意味は20年来の謎である。演者らはゲノムの翻訳と複製の2視点から配列比較解析を行った。その結果、翻訳時に使用度の高いtRNA 遺伝子ほど高発現領域に配置されていること（r = -0.1260, p = 0.0104, n = 336）また複製時に一本鎖でいる時間が長い領域ほどコードするtRNAアンチコドンサイトにG・T塩基が多いこと（r = 0.4281 p = 0.0234, n = 22）を明らかにした。ミトコンドリアゲノムが翻訳時の効率、及び複製時のtRNA機能欠損回避の両面において合理的な配置を持つことが示唆されると共に、de novo 変異によるゲノム機能低下についても新しい視点が提供される

・世話人：長﨑 正朗

第17回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。

・日時：平成24年11月16日(金)　17：00‐18：30

・場所：東北大学星陵キャンパス
東北メディカル・メガバンク機構プレハブ棟2階会議室１
(事務室と同じ建物になります)

・演題：メタゲノムワイド関連解析によって明らかにされる2型糖尿病患者の腸内細菌叢
・講師：奥田修二郎先生（立命館大学）
・概要：2型糖尿病は、現在では世界中で患者数が急速に増加している内分泌疾患の一種である。メタゲノムワイド関連解析という新しい手法を用いて2型糖尿病患者と健康な人との腸内細菌叢を比較した。その結果、2型糖尿病関連マーカーを多数同定することに成功した。また、これらのマーカーによって2型糖尿病を診断できる可能性が示唆された。今後、他の疾患へのメタゲノムワイド関連解析の応用によって病気の診断や治療が期待される。　
一般にメタゲノム解析には、次世代シーケンサーのような高速な配列決定能力が必要であるが、未だ高価であり処理も煩雑である。このようなメタゲノム配列決定を必要としない仮想的なメタゲノム構築法についても紹介する。

・世話人：長﨑 正朗

医学系研究科大学院説明会開催

日時：2012 年 12 月 1 日（土）13：30～15：30終了予定
会場：星陵キャンパス医学部1号館　第1講義室

過去問の公開は、13:00～13:30、説明会終了後16:00までです。
説明会終了後に研究室訪問の時間を取ってあります。
　※事前に訪問希望のコンタクトを推奨しております。

事前の参加申込みや費用などは必要ありません。
駐車場がありませんので、公共交通機関をご利用下さい。

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「インシリコメガバンク研究会」の第１６回（バイオインフォマティクスデータ解析サブワーキンググループ会議第3回）を１１月２日（金）に行います。

疾患関係のデータベースなどの話となります。ご興味のある方はご参加ください。

演題：統合化推進プログラムにおける疾患関連多型・変異情報の情報共有化の取り組み
日時：１１月２日（金）１６：００－１８：００
場所：星陵キャンパスメガバンク棟会議室１
日立製作所中央研究所：小池麻子

概要：近年急速に増加しつつある疾患関連多型・変異情報の散逸を防ぎ、研究者間でデータを共有化するために、我々のグループ(東大医・病院、遺伝研、日立中研)では、Human
variation/GWAS DB(https://gwas.biosciencedbc.jp/)を構築し、GWAS・NGS変異データの預け入れと再配布を行っている。これらのDBにおいてはGWASデータ、健常者や患者のSNVのみならず長配列の挿入/欠失、構造多型まで収集対象とし、日本人/アジア人の変異と表現型（疾患、薬剤応答、ウィルス耐性）との関係の体系化を目指している。本発表においては、実験手法・計算手法によるバイアス、疾患ごとの変異の特性について概観するとともに、独自に開発している配列解析・遺伝統計技術等についても紹介する。
世話人：木下賢吾