バリアント情報標準化研究会 VISC (Variant Information Standardization Collegium)5.10を九州大学生体防御医学研究所バイオメディカル情報解析分野が主催で開催しました。
当研究室で進めているJSTの採択プロジェクトJoint Open Genome and Omics (JoGo)との連携も含めた活発な意見交換を研究会で行いました。
https://github.com/dbcls/visc/wiki/VISC5.10
長﨑教授がBioinformatics Workshop 2025にて招待講演を行います（2025年8月27日）
長﨑教授がBioinformatics Workshop 2025にて招待講演を行います。
講演日時：
2025年8月27日 (水) 13:00 – 13:50
講演タイトル：
Design of large-scale human genome analysis platform and long-read
sequencing data analyses
Bioinformatics Workshop 2025
2-DAY SEMINAR + HANDS-ON SESSION
・日時：2025年8月26 (火)、27日 (水) 9:00 – 16:00
・場所：京都大学iPS細胞研究所（CiRA）
【Day 1】8月26日 (火)：第1研究棟 講堂
【Day 2】8月27日 (水)：第1研究棟 セミナールーム
・主催：京都大学iPS細胞研究所（CiRA）
京都大学ヒト生物学高等研究拠点（WPI-ASHBi）
PacBio
AWS
日本人とサウジアラビア人のゲノム情報を反映した新しい「ゲノム地図」を作成【プレスリリース】
当研究室で行った研究がプレスリリース発表されました。
国立健康危機管理研究機構 (東京都新宿区、理事長:國土典宏) 国立国際医療研究所 ゲノム医科学プロジェクト 河合洋介 副プロジェクト長、サイデ・アシュリ特任研究員、徳永勝士プロジェクト長らは、アブドラ国王科学技術大学 (サウジアラビア王国) とライフサイエンス統合データベースセンター、九州大学、東京大学、国立遺伝学研究所と共同で、日本人とサウジアラビア人の完全長ゲノム配列を決定して、公共データベースに登録しました。
これまでのゲノム研究では、特定の 1 人のゲノム配列を基準とする方法が使われてきましたが、これでは地域に特有の遺伝的な違いが反映されにくいという課題がありました。今回、日本とサウジアラビアの研究者を中心とする国際チームで、両国のゲノム多様性を反映した新しいパンゲノムグラフ「JaSaPaGe」を開発しました。このパンゲノムグラフ は、日本人 10 人とサウジアラビア人 9 人の高品質な全ゲノムデータをもとに構築されたもので、従来の方法に比べてより多くの遺伝的変異を高精度に検出可能であることが示されました。研究成果は FAIR 原則に基づき、誰でも自由に利用可能な形でデータを公開しています。これにより、日本や中東地域を含む多様な人々の遺伝情報を反映した、より正確で公平なゲノム研究が進展することが期待されます。
【ポイント】
●10人の日本人と9人のサウジアラビア人の実質的に完全なゲノム配列を決定
●個人間のゲノム配列の違いを表す「パンゲノムグラフ」によって複雑なゲノム構造が明らかに
●ロングリードシーケンサーなどの最先端の技術を活用
●地域に特化した精密医療・遺伝子診断の基盤を提供
本研究は、2025年8月8日にScientific Dataに掲載されました。
(URL: https://www.nature.com/articles/s41597-025-05652-y)
【プレスリリース本文のリンク】
・東京大学
・情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター
・九州大学
第27回生医研リトリート2025が以下で開催されました
Patricia先生が4D Omics in Development & Diseaseにてポスター発表を行います
Patricia先生が 4D Omics in Development & Diseaseにてポスター発表を行います。
ポスター発表予定時間：
2025年9月30日（火） 11:00 – 12:10
ポスタータイトル：
Mapping diversity: genomic and immune landscapes across populations
・日時：2025年9月29日（月）～ 9月30日（火）
・場所：熊本大学病院くすのきテラス３階大会議室
Therapeutic Advances in Medical Oncology誌に、論文がオンライン掲載されました（2025年7月13日）
2025年7月13日、“A POLR1D-regulating single-nucleotide polymorphism as a predictive marker candidate for platinum-based chemotherapy in gastrointestinal cancers”の論文がTherapeutic Advances in Medical Oncology誌にオンライン掲載されました。
長﨑教授が第16回 国内版バイオハッカソン BH25.7にて参加発表を行いました（2025年7月6日）
長﨑教授が第16回 国内版バイオハッカソン BH25.7にて参加発表を行いました。
講演時間：
2025年7月6日(日) 14:20 – 14:40
講演タイトル：
JoGo
第16回 国内版バイオハッカソン BH25.7
・日時：2025年7月6日(日)〜7月11日(金)
・場所：三国オーシャンリゾート＆ホテル 越前の間（福井県坂井市）
BlueMemeと共同研究を進める九州大学研究グループ、ネットワーク構造の”見えない違い”を可視化する新技術を開発【プレスリリース】
当研究室の藤田アンドレ教授が行った研究がプレスリリース発表されました。
株式会社BlueMeme（本社：東京都千代田区、代表取締役社長：宮脇 訓晴、以下BlueMeme）は、ソフトウェア開発のさらなる効率化と高度化を目指し、2023年より九州大学との産学連携を通じて、ネットワーク構造の解析に関する共同研究を推進してまいりました。
この取り組みの中で、BlueMemeと共同研究を行う九州大学 生体防御医学研究所の藤田アンドレ教授の研究グループが、複雑なネットワーク（グラフ）構造の違いをスペクトル解析の枠組みで精緻に可視化する革新的な手法を開発しました。
本研究は、英国オックスフォード大学出版局が刊行する国際学術誌「Journal of Complex Networks」に2025年7月2日（水）に掲載されました。
(URL:https://doi.org/10.1093/comnet/cnaf013)
【プレスリリース本文のリンク】
・株式会社BlueMeme
・国立大学法人九州⼤学
長﨑教授が学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第17回シンポジウムにて参加発表を行います（2025年7月10日）
長﨑教授が学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第17回シンポジウムにて参加発表を行います。
【2024年度採択課題研究成果報告・評価（口頭発表）】
・発表日時：令和7年7月10日（木）15:20-15:40
・場所：オンライン
・講演タイトル：長鎖型シークエンスに基づくハプロタイプカタログ構築と異なるクラウド拠点間での横断的バッチジョブシステム試験実装
課題詳細：https://jhpcn-kyoten.itc.u-tokyo.ac.jp/abstract/jh240015
学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第 17 回シンポジウム
・開催日時：令和7年7月10日（木）9:40 ～ 7月11日（金）18:00
・開催方式：現地・オンラインのハイブリッド方式
・現地会場：東京コンファレンスセンター・品川（オンラインも同時実施）
バリアント情報標準化研究会 VISC5.6を開催（2025年6月16日、17日）
バリアント情報標準化研究会 VISC (Variant Information Standardization Collegium)5.6を
九州大学生体防御医学研究所バイオメディカル情報解析分野が主催で開催しました。
当研究室で進めているJSTの採択プロジェクトJoint Open Genome and Omics (JoGo)との連携も含めた活発な意見交換を研究会で行いました。