長﨑教授が第2回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウムにて招待講演(3月25日)

3月25日(土)長﨑教授が第2回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウムで招待講演を行います。

・日時:平成29年3月25日(土)第2部 講演 セッション2. 12:20
・場所:鉄門記念講堂
・セッション&テーマ:ゲノム医学
・講演タイトル:日本人の全ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス

第82回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(2月10 日)

第82回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は大阪大学免疫学フロンティア研究センター・Alexis Vandenbon 先生を講師としてお迎えし、「Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system」というタイトルで講演していただきます。

・日時:平成29年2月10日(金)  5:00‐6:30 pm
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題:Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system
・講師:Alexis Vandenbon (大阪大学免疫学フロンティア研究センター) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。

・概要:Large amounts of experimental data available in public databases contain an enormous potential for elucidating gene regulatory interactions. However, in practice it is difficult to extract new knowledge or hypotheses from such data. One obstacle is the study-specific biases or batch effects that are present in the original data. Although gene coexpression is often used for inferring biological networks, how batch effects influence such networks is not well studied. Here, we prepared a large collection of gene expression data for 24 cell types of the mouse immune system. We found widespread batch effects in this data, and showed that they strongly affect gene coexpression estimates. Removal of batch effects considerably improved the consistency between inferred correlations and prior knowledge. Using the processed data, we constructed Immuno-Navigator, a batch-corrected gene coexpression database. Using our database, we generated hypotheses about candidate regulators in specific immune cells. In one application we successfully predicted known regulators of importance in naturally occurring Treg cells from their expression correlation with a set of Treg-specific genes. For one high-scoring gene, integrin β8 (Itgb8), we experimentally confirmed an association between Itgb8 expression and Treg-specific epigenetic remodelling. We believe that Immuno-Navigator (sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/immuno-navigator/) will be of great use for generating hypotheses for specific cell types in studies of the immune system.

・世話人:寺口俊介、長﨑正朗

長﨑教授が東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会にて口頭発表(1月27日)

1月27日 (金)  長﨑教授が東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会にて口頭発表を行います。

・日時:平成29年1月27日 (金) 14:25-14:40
・場所:東北メディカル・メガバンク棟1階 講堂 (正式名称 6 号館 1 階 講堂)
・テーマ&セッション:Panel 1 ゲノム・オミックス
・講演タイトル:2049人の日本人全ゲノムリファレンスパネルと今後

第81回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成29年2月2日)

第81回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は東京大学大学院理学系研究科・田嶋文生教授を講師としてお迎えし、DNAレベルの遺伝的変異に関する数理理論について講演していただきます。
・日時:平成29年2月2日(木) 15:30‐17:00
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/access/access01 
・演題: DNAレベルの遺伝的変異に関する数理理論
・講師:田嶋文生(東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。 

・概要:集団中には多量の遺伝的変異が維持されています。遺伝的変異は,以前はタンパク質や血液型の多型により検出されていましたが,現在ではDNA配列に基づいたDNA多型として検出されています。遺伝的変異の維持機構として,自然選択説や中立説が提唱されています。遺伝的変異の量やパターンは、さまざまな要因(集団の大きさ、突然変異率、自然選択、集団構造など)によって決定されます。観察された遺伝的変異の量とパターンから、これらの要因を推測できるのであろうか。これは非常に重要な問題です。このためには,観察結果を解析する統計的方法と数理理論の構築が必要となります。本講演では、わたしがこれまで行なってきた研究結果に基づいて、単純なモデルの下で期待されるDNAレベルの遺伝的変異(DNA多型)の量とパターンを紹介します。 

・世話人:三澤計冶、長﨑正朗

第80回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(平成29年1月13日)

第80回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター・工樂樹洋先生を講師としてお迎えし、「脊椎動物の発生制御遺伝子ファイロームを糸口にヒトゲノムの成り立ちを探る」というタイトルで講演していただきます。

・日時:平成29年1月13日(金) 17:00‐18:30
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題:脊椎動物の発生制御遺伝子ファイロームを糸口にヒトゲノムの成り立ちを探る
・講師:工樂 樹洋(理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター) 

*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。

・概要:非モデル生物におけるオミクス解析の可能性が大きく拡がったことも相まって、ゲノムワイドな視点とデータ駆動型アプローチを取り入れ、より大局的に分子進化と表現型進化の関わりを論じることが可能となった。私は、分子系統学やゲノム情報学の視点から、脊椎動物の発生制御遺伝子のレパートリの種間比較を行ってきた。その過程で、いわゆる「ツールキット遺伝子」の保存性などのEvoDevoの基礎知識の中に、極度に単純化されて広まってしまったと思わざるを得ない事例をいくつか見出した。たとえば、ショウジョウバエのeyeless遺伝子に対する脊椎動物のオーソログとされるPax6遺伝子には、いわゆる2Rゲノム倍化で重複したPax4およびPax10という、これまであまり注目されてこなかった姉妹遺伝子がある。このような「忘れられた」遺伝子として、ほかにBmp16やHox14、FoxG2、FoxG3などを見出している。「忘れられた」おもな理由は、これらが、複数の系統で独立にゲノムから消えていったからであるが、他にも、配列の進化速度が速く、そして、発現する部位が限局しているという共通の特徴がある。こういった「忘れられた」遺伝子の発見の助けになったのは、軟骨魚類など脊椎動物の進化の中で比較的早い時期に分岐した系統に属する生物のゲノム情報であり、私自身の研究室でも複数種のゲノム情報を整備中である。本セミナーでは、ヒト以外の脊椎動物のゲノム情報生産とその完成度の評価についての技術的な側面を紹介するとともに、上記の「忘れられた」遺伝子の解析から得られた、ヒトゲノムの構築にも関する新たな仮説について考察する。 

・世話人:柴田朋子、三澤計冶、長﨑正朗

長﨑教授がゲノムテクノロジー第164委員会第5期キックオフシンポジウムにて招待講演(11月15日)

11月15日(火)長﨑教授がゲノムテクノロジー第164委員会第5期キックオフシンポジウムで招待講演を行います。

・日時:平成28年11月15日(火)第2部 ゲノム医学 16:00-16:30
・場所:時事通信ホール
(〒104-8178 東京都中央区銀座5-15-8)
・セッション&テーマ:ゲノム医学
・講演タイトル:日本人ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス