2016年4月入学:東北大学大学院情報科学研究科入試日程
試験日程：平成28年3月1日(火)～3月3日(木)
※群によって試験日が異なるので注意すること。
願書受付：
・一般、外国人留学生等、社会人
平成28年1月4日(月)～平成27年1月7日(木)
・早期卒業
平成28年1月26日(火)～平成28年1月29日(金)
合格発表：平成28年3月7日(金) 17:00
詳細は、こちらを参照ください。
2016年4月入学:東北大学大学院医学系研究科入試日程
試験日程：1月26日（火）
願書受付：1月4日（月）～1月8日（金）
合格発表：2月12日（金）
詳細は、こちらを参照ください。
長崎研究室 研究室紹介と学生募集の概要のページはこちら
第67回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は自治医科大学分子病態治療研究センター・中山一大先生を講師としてお迎えし、内臓脂肪ゲノムバンクの構築とその活用について講演していただきます。
・日時：平成27年12月11日(金) 17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題：内臓脂肪ゲノムバンクの構築とその活用
・講師：中山一大（自治医科大学分子病態治療研究センター）
＊本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要：内臓脂肪は大網などの腹膜周辺に存在する白色脂肪組織である。内臓脂肪は遊離脂肪酸やサイトカインなどを活発に分泌することにより、肝機能障害、脂質異常症、高血圧症、高尿酸血症、耐糖能異常など様々な代謝異常を惹起する。内臓脂肪蓄積の遺伝率は皮下脂肪蓄積の遺伝率とは部分的に独立しているが、特異的に寄与する遺伝的多型の同定は進展していない。内臓脂肪蓄積の遺伝的基盤を解明することは、その下流に位置する様々な慢性疾患の病態解明に貢献するかもしれない。我々のグループでは、自治医科大学附属病院にて一般人間ドック受診した成人3013名から、臍の高さでの内臓脂肪面積、血清脂質濃度の有無などをはじめとした各種健診情報、ゲノムDNAの収集を行い、これらをまとめた内臓脂肪ゲノムバンクを構築した。本セミナーでは、同ゲノムバンクの解析から明らかになったTribbles Pseudokinase family遺伝子と生活習慣病との関連性をはじめ、これまでに得られた知見を紹介する。
・世話人：三澤計冶、長﨑正朗
第66回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回はドイツのミュンスター大学・Wojciech Makalowski先生を講師としてお迎えし、「熱帯病の遺伝子型判定病原体におけるナノポアシーケンシング」について講演していただきます。
・日時：平成27年12月8日(火) 17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題：Nanopore Sequencing for Genotyping Pathogens of Tropical Diseases – Bioinformatics Challenges
・講師：Wojciech Makalowski（Institute of Bioinformatics, University of Muenster）
＊本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要：Sequencing technology continues to revolutionize life sciences. However, all the main stream technologies share several weaknesses, such as short reads and bulky instruments with high price tag. The latter prohibits usage of the sequencing directly in the field or in rural hospitals. Therefore there’s a pressing need for a simple and low-cost instrument that could be used for rapid disease diagnosis or biological sample identification. Recently introduced MinIONTM by Oxford Nanopore Technologies meets these expectations as it’s very portable with just four inches in length and operability via the USB port of a laptop computer. As a part of the Oxford Nanopore MinIONTM Access Program (MAP) we have tested applicability of the nanopore technology for genotyping of tropical diseases. In particular, it was applied to two different tasks: serotype determination of the dengue virus and genotyping of the malaria parasites. Despite very low accuracy of a single molecule read we were able successfully discriminate between different dengue virus serotypes using multiple-sequence alignment and majority rule for the base call. We demonstrate that sequence depth generated by a single run of the MinIONTM is sufficient for precise serotyping of the virus. Similarly, our preliminary results suggest that the nanopore sequencing should be useful in genotyping of the malaria parasite. Since Oxford Nanopore Technologies don’t provide any specialized software for the sequence analysis, we built a simple web-based pipeline for sero- and genotyping. The pipeline is freely available at http://bioinformatics.uni-muenster.de/tools/NanoPipe/index.hbi.
・世話人：山口由美、長﨑正朗
第65回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は名古屋大学大学院医学系研究科・山本敏充先生を講師としてお迎えし、常染色体・Y染色体上のマイクロサテライトから見た様々なヒト集団の遺伝的関係について講演していただきます。
・日時：平成27年11月27日(金) 17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題：常染色体・Y染色体上のマイクロサテライトから見た様々なヒト集団の遺伝的関係 －日本及び日本周辺のヒト集団を中心として－
・講師：山本敏充（名古屋大学大学院医学系研究科 法医・生命倫理学）
＊本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要：現在では、多くのヒト集団遺伝学的研究が、約1MのゲノムワイドSNPs解析や全ゲノム配列解析によりなされている。一方、法科学分野では、マイクロサテライト（法科学分野ではSTRs: short tandem repeats）が、個人識別や血縁関係を調べるために、十数座位を型判定できるマルチプレックスキットが市販化され、世界中で汎用されている。それらのデータを利用して、各個人の祖先系ヒト集団を推定することは、ある程度可能である。しかし、日本周辺諸国の比較的遺伝的に近縁なヒト集団の祖先系を推定することは、困難である。本講演では、我々が行ってきた、105座位のSTRsのデータによる東・東南アジアなどヒト地域集団の遺伝的関係や、それらのデータを用いた、日本人と中国人、あるいは、日本人と韓国人（朝鮮族）とを統計学的に区別する可能性について紹介する。また、Y染色体上STRs（Y-STRs）も、性犯罪や男系の血縁関係を調べる上で、法科学的に重要で、常染色体STRs同様、市販化キットが汎用されている。このキットを利用した、モンゴル５地域のヒト集団、並びに、理化学研究所BRCとの共同研究で行った南米の少数民族おける、Y-STRsハプロタイプ・ネットワーク解析結果を紹介する。
・世話人：河合洋介、長﨑正朗
第64回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は自然科学研究機構 新分野創成センター・郷康広先生を講師としてお迎えし、「ゲノムを通して我が身を知る〜ヒトとサルの間にあるもの〜」について講演していただきます。
・日時：平成27年11月24日(火) 16：00‐17：30
・場所：東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題：ゲノムを通して我が身を知る〜ヒトとサルの間にあるもの〜
・講師：郷 康広（自然科学研究機構 新分野創成センター）
＊本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要：ヒトの参照ゲノム配列が解読されて15年あまり、ヒトの病気の原因遺伝子解明や多様性研究のために、10万人全ゲノム解析やシングルセルゲノミクス・トランスクリプトミクス研究が世界規模で進められている。しかし、いくら多様なヒトゲノムが明らかになったとしても、ヒトの本質的な理解、さらには進化的意義を知るためには、ヒトゲノムだけでなく、ヒト以外の種の個性や多様性とヒトのそれらを比較することが必要不可欠である。そこで、私は病気と進化を二つのキーワードとし、ヒトの比較対象としてヒト以外の霊長類、特にチンパンジーやマカクザル・マーモセットのゲノム多様性解析、脳を対象としたトランスクリプトーム解析を中心に研究をすすめている。それらヒト以外の霊長類ゲノム・トランスクリプトーム研究から見えてくる「ヒトとサルの間にあるもの」について考えてみたい。
・世話人：佐藤行人、長﨑正朗
[ギャラリー] ページに今月行われたイベント「芋煮会2015」を追加しました。
河合洋介 講師が10月16日（金）に日本人類遺伝学会 第60回大会のランチョンセミナーにて講演を行いました。
講演会名：日本人類遺伝学会 第60回大会 ランチョンセミナー8
日時：2015年10月16日（金）
場所 : 京王プラザホテル（新宿）
講師：河合洋介 12：30～13：20「ISNPアレイデータの全ゲノムインピュテーション」
プログラムの詳細はこちらにて
東北大学大学院医学系研究科 平成27年度 第4回学際領域ゼミを下記のとおり行いますのでご案内いたします。
・日時：平成27年9月17日(木) 18：00‐20：00
・場所：第1講義室(医学部1号館1階)
・演題：情報科学からみたゲノム医療
・講師：長﨑 正朗 教授
※本ゼミは、医学履修課程2~4年次、障害後期課程2~3年次学生の履修対象科目です。
1.ゼミ(全6回)の出席とブースター申請にて、単位が認定されますので、該当学生は必ず参加ください。
今年度のブースター申請受付は、終了しました。
2.ゼミの出席は、受付で配付する感想文の提出をもって確認します。 単位履修者はゼミ終了後に感想文回収箱までご提出ください。
一般講演も兼ねておりますので、 学部生・教職員のみなさまも奮ってご参加ください。
第62回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は東京大学医科学研究所・Ashwini Patil先生を講師としてお迎えし、ネットワーク解析手法を用いた経時的な遺伝子発現プロファイルからの活性遺伝子サブネットワークの特定について講演していただきます。
・日時：平成27年8月21日(金) 17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2
・演題：Identifying active gene sub-networks from time-course gene expression profiles using a network analysis method
・講師：Ashwini Patil（東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター）
＊本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要：Time-course gene expression profiles are frequently used to study cellular response to stimulus and to infer molecular pathways involved in cellular response. I will introduce a method to identify active gene sub-networks with temporal paths using time-course gene expression profiles in the context of a weighted gene regulatory and protein-protein interaction network. The method uses a specialized form of the network flow optimization approach to identify the most probable paths connecting the genes with significant changes in expression at consecutive time intervals. We used this method to identify response pathways in the innate immune response using time course gene expression profiles of activated immune cells1 as well as the yeast osmotic stress response2. Using this method, we are now comparing the regulatory networks responsible for the distinct immune outcomes produced from different pathogens. Using these response networks, we would like to identify unique regulatory genes associated with each pathogenic component to help better understand the ways in which the immune response differs for distinct pathogens.
・世話人：長﨑正朗
東北大学東北メディカル・メガバンク機構ゲノム解析部門の長﨑正朗教授、河合洋介講師らは、日本人集団のもつSNPを全ゲノム領域を網羅し高精度で取得できる、日本人に最適化されたSNPアレイ「ジャポニカアレイ®」の設計に世界で初めて成功しました。
ジャポニカアレイ®の設計は、東北メディカル・メガバンク計画のコホート調査に協力した1,070人分の全ゲノム情報を活用し、独自のSNP選択アルゴリズムを開発・実装してスーパーコンピュータ上で解析することで実現されました。
遺伝子型インピュテーション（以下、インピュテーション）技術を用いることで約66万個のSNPを搭載したジャポニカアレイ®から最大2,000万SNPを取得可能です。
ジャポニカアレイ®は既存の同等数のSNPが搭載されているアレイと比べてインピュテーションの精度が10%以上向上し、また、3倍以上の数のSNPが搭載されている既存のSNPアレイとほぼ同等またはそれ以上の性能を発揮します。
この研究は、日本人に固有な体質・疾患の関連遺伝子を大規模に探索研究する為の基盤解析ツールであり、日本人の個別化予防・医療研究を加速する重要な成果です。本研究成果の詳細は、2015年6月25日（英国時間）Journal of Human Genetics誌のオンライン版で公開されました。
【論文名】
Yosuke Kawai, Takahiro Mimori, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Inaho Danjoh, Rumiko Saito, Jun Yasuda, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki
Japonica Array: Improved genotype imputation by designing a population-specific SNP array with 1,070 Japanese individuals
「ジャポニカアレイ®：1,070人の日本人の情報に基づく日本人集団に適したSNPアレイの設計によるインピュテーションの改良」
掲載予定誌：Journal of Human Genetics
また、今回の発表にあわせて、研究者の興味のあるSNPが搭載されているかを評価できるようにジャポニカアレイ®に搭載されているSNPのリストについて一般公開を開始しました。
さらに、ジャポニカアレイ®を用いて未搭載のSNPがどの程度の精度でインピュテーション可能かについて問合わせを行うことができるポータルサイトを公開しました。
ジャポニカアレイ®は、株式会社 東芝へのライセンスのもと、一般にジェノタイピングサービスの提供が行われています。