コホートゲノム情報解析寄附研究部門の設置にともない当分野では助教2名を募集します。詳細は募集のページを参照ください。
「news」カテゴリーアーカイブ
第86回日本遺伝学会にて招待講演
長﨑正朗教授が9月19日に第86回日本遺伝学会で講演を行いましたのでお知らせいたします。
シンポジウム名:第86回日本遺伝学会
日時:2014年9月19日(金)
場所 : 長浜バイオ大学
講師:長﨑 正朗
セッション:WS16 大量データ時代の新しいゲノム遺伝学(座長 小倉 淳)
演題:16:09~16:34「東北メディカル・メガバンク機構におけるゲノム情報基盤の構築と情報解析」
第50回 インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(9月26日)
第50回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は茨城大学・北野誉先生を講師としてお迎えし、「血液型遺伝子の進化」について講演していただきます。
・日時:平成26年9月26日(金) 17:00‐18:30
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/access/access01
・演題:血液型遺伝子の進化
・講師:北野 誉(茨城大学工学部 生体分子機能工学科)
*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要:血液型はもともと赤血球細胞表面の構造の微妙な差異を、抗原抗体反応によって分類したものである。ABO式血液型の抗原は糖鎖であり、基礎となるのがO型の糖鎖で、その末端に、N-アセチルガラクトサミンが付加したものがA型、一方ガラクトースが付加したものがB型の糖鎖になる。ABO式血液型遺伝子とは、この末端の糖を付加させる糖転移酵素をコードする遺伝子であり、エクソン7上の2つのアミノ酸の違いが、付加させる糖の違いとなり、それによってA型あるいはB型の糖鎖が形成されている。また、エクソン6上の一塩基欠失によるフレームシフトによって、機能的な酵素が作られず、どちらの糖も付加されないものがO型の糖鎖である。一方、RH式血液型遺伝子は、12回膜貫通ドメインをもつトランスポーター様のタンパク質をコードする遺伝子であり、このタンパク質の細胞膜外に位置しているアミノ酸の多型が、この血液型の分類になっている。本講演では、ABOとRHの血液型遺伝子の分子的基礎と進化について紹介する。
・世話人:河合洋介、長﨑正朗
東北大学 東北メディカル・メガバンク機構のゲノム情報を用いた共同研究の募集について
東北大学東北メディカル・メガバンク機構では、全ゲノムリファレンスパネルドラフト版の検証を進め、アレル頻度5%以上の既知の変異情報を2014年8月29日に公開しました。また、1%以上の変異情報についても今後分譲していく予定ですが、ドラフト版のさらなる精度の検証及び精度の向上を目的とし、アレル頻度1%未満を含む変異情報を対象にした以下の研究提案を募集します。
1.ToMMo全ゲノムリファレンスパネルドラフト版における1塩基多型に関連する共同研究
2.ToMMo全ゲノムリファレンスパネルドラフト版における欠失挿入、コピー数変異に関連する共同研究
3.ToMMo全ゲノムリファレンスパネルドラフト版を健常人対照とした共同研究
4.SNPアレイを用いた日本人に対する症例対照解析におけるToMMo全ゲノムリファレンスパネルドラフト版を利用した共同研究
応募開始 2014年9月1日(月)
締め切り 2014年9月30日(火)
応募要件等の詳細は下記をご覧ください。
九州大学にて招待講演 : 長﨑教授 (9月16日)
長﨑正朗教授が9月16に九州大学にて講演を行いますのでお知らせ致します。
シンポジウム名:新生命科学分野開拓とスーパーコンピュータ「
日時:2014年9月16日(火)12:30~受付 13:00~開始
場所 : 九州大学医学部百年講堂(福岡市東区馬出3丁目1番1号)
講師:長﨑正朗
14:25~15:10「東北メディカル・
プログラムの詳細は下記にて
九州大学HP 新生命科学分野開拓スーパーコンピュータ「京」
http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/
第49回インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(9月12日)
第49回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は埼玉医科大学・神田将和先生を講師としてお迎えし、「ミトコンドリア呼吸鎖異常症の包括的ゲノム解析」について講演していただきます。
・日時:平成26年9月12日(金) 17:00‐18:30
・場所:東北メディカル・メガバンク棟3階小会議室2 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/access/access01
・演題: ミトコンドリア呼吸鎖異常症の包括的ゲノム解析
・講師:神田将和(埼玉医科大学ゲノム医学研究センター)
*本講演は医学系研究科系統講義コース科目の授業として振替可能です。
・概要:ミトコンドリア呼吸鎖異常症(MRCD)は難病の一つで、小児では10万人に6.2人と高頻度に発症する先天性代謝異常である。MRCDの原因として呼吸鎖複合体に関わる様々なタンパク質の異常があり、現在までに150程度の原因遺伝子が知られている。しかしながら原因遺伝子および発症機序については、まだ不明な部分が多く残されているのが現状である。今回、我々が行ったMRCDの包括的ゲノム解析により、新規の原因遺伝子であるミトコンドリア関連遺伝子を6つ見出すことに成功した。さらに、MRCDと直接の関わりが不明な遺伝子が複数、患者の表現型を引き起こしている原因遺伝子として同定できた。本研究から得られるデータは、MRCDのゲノム解析基盤の形成へ貢献できるものであり、ここから得られる知見はこれまで知られていなかった遺伝子に光を当てることが期待される。
・世話人:長﨑正朗
全ゲノムリファレンスパネル「iJGVD」の一般公開を開始
1000人分の全ゲノム配列の情報のうちアレル頻度5%以上のSNP頻度情報についてウェブサイトから国際SNP番号や遺伝子名で検索することや国際ゲノム参照配列上での位置情報の把握などができるような形で、ToMMoのポータルサイト
Integrative Japanese Genome Variation Database (iJGVD)として一般に公開することとなりました。
>Integrative Japanese Genome Variation Database
http://ijgvd.megabank.tohoku.ac.jp
掲載記事
>東北メディカル・メガバンク機構
http://www.megabank.tohoku.ac.jp/news/5696
>日本経済新聞
http://release.nikkei.co.jp/detail.cfm?relID=367713&lindID=5
長﨑教授:NHK総合『てれまさむね』出演のお知らせ
長﨑教授がニュース番組『てれまさむね』(NHK総合)に出演されます。
[NHK総合]
2014年8月29日(金) 午後6:10~午後7:00(50分)
[番組内容]
▽世界初!DNA情報公開で変わる未来医療
詳しくはこちら
http://www2.nhk.or.jp/hensei/program/p.cgi?area=600&date=2014-08-29&ch=21&eid=53173&f=2908
[てれまさむね] 番組映像
http://www.nhk.or.jp/sendai/telemasa/
ソフトウェア開発論文掲載:DNAデータのQCソフトウェアSUGARと原著論文を公開
研究室で開発したNGSデータのQCソフトウェアSUGARの論文が出版され、掲載誌のHighly Accessed Articleになりました。
Yukuto Sato, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Mamoru Takahashi, Takahiro Mimori, Masao Nagasaki. SUGAR: graphical user interface-based data refiner for high-throughput DNA sequencing. BMC Genomics, 15:664. doi:10.1186/1471-2164-15-664 (2014)
ToMMoスーパーコンピュータのマスメディア掲載
バイオメディカル情報解析室が主に運用・管理しているスパコンの記事が掲載されました。
【仙台放送】(ニュース映像)http://www.youtube.com/watch?v=j6F8TsAKwkQ
【ミヤテレ】http://news24.jp/nnn/news8734970.html
【日本経済新聞】http://www.nikkei.com/article/DGXLASFB29H2G_Z20C14A7L01000/
【マイナビニュース】http://news.mynavi.jp/news/2014/07/25/080/