第29回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。
今回は株式会社アイキューブドシステムズ取締役・畑中洋亮氏を講師としてお迎えし、「医療3.0：孫正義を驚かせたモバイルコンピューティングが切り開く医療の未来」というタイトルで講演していただきます。

・日時：平成25年5 月17 日(金)　16：30‐18：00
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access01.html
・演題：医療3.0：孫正義を驚かせたモバイルコンピューティングが切り開く医療の未来
・講師：畑中洋亮（株式会社アイキューブドシステムズ取締役）

概要：iPhoneが生まれて6年。世界は、クラウドという自然なスーパーコンピューティングを使うために生まれたスマホやタブレットが、プライベートやビジネスだけでなく、救急や在宅や災害医療など様々な医療福祉現場での活用も始まり、不可逆的な情報接点と情報体験の変化を、人々に起こしている。弁士は、東大医科研でゲノム研究後、Apple社に飛び込み、iPhoneの日本法人市場開拓統括に抜擢され、まさにスマホでの社会変化を先導する経験を持つ31歳。Apple社在籍当時、超高齢社会を迎える日本が、根本的な問題解決に取り組まず、場当たり的で迷走する法整備や、予算ばかり要求・浪費し、根本的な問題解決への主体性を失いがちな地域行政・アカデミア・マスメディアに危機感を覚え、当時自身が任されたiPhoneを中心とする次世代のITを活用して、現場が・現場による・現場のための医療モデルの再構築を推進する「医療3.0」という次世代ビジョンを提唱し、活動を始めた。

このビジョンに共鳴した「Team 医療3.0」は、医師、看護師、薬剤師など、現場の医療現場従事者で構成され、救急医療、在宅医療、災害医療、調剤薬局など様々な分野で、スマホやクラウドなど情報革命の力で、現場に変革を起こしている。Team 医療3.0のメンバーの現場での実践で培った、現場の変革ノウハウや洞察を、ソフトバンク 孫正義社長との対談や、様々な講演・執筆活動を通して広めている。なお、弁士は、情報時代におけるパラダイムシフトを直観し、新しい情報産業を日本から興すべく、Apple社から福岡のベンチャー・アイキューブドシステムズに転籍し、急成長する同社の経営を担っている。なお、同ベンチャーでも、震災直後にソフトバンク社とセールスフォース社と共同で、数日でモバイルとクラウドを使い「被災者への救援物資のスムーズな供給を支援する救援物資マネジメントシステム」を構築し無償提供するなど、医療3.0のビジョンに共鳴する取り組みをしている。

本講演では、この医療3.0が目指す所とその活動の紹介、そしてそこから垣間見える、パーソナル・コンピューティングの起こそうとしている未来について紹介する。

世話人：長﨑正朗

東北大学大学院医学系研究科　大学院説明会

[平成25年度　第1回大学院説明会　仙台開催]

第28回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。

今回は奈良先端科学技術大学院大学 吉田裕司さんを講師としてお迎えし、「神経突起伸長に関与するキナーゼ推定のためのデータマイニング手法の適用」について講演していただきます。

・日時：平成25年5 月10 日(金)　17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1  http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access01.html
・演題：神経突起伸長に関与するキナーゼ推定のためのデータマイニング手法の適用
・講師：吉田裕司（奈良先端科学技術大学院大学博士前期課程）

・要旨：リン酸化酵素であるキナーゼは複雑な分子ネットワークを介して、神経突起伸長に重要な役割を果たす。突起伸長を邪魔しているキナーゼが同定されれば、再生医療への応用が期待できる。現在のところ、既存のキナーゼ抑制剤を用い、様々な抑制パターンに対する神経突起の平均的な伸長レベルを計測することが可能である。しかし、抑えるべきキナーゼを特定するためにはデータマイニングが必要である。また、どのデータマイニング手法が適切かどうかも分からない。

本研究では、初めに4つの代表的な回帰手法（最小二乗法、部分最小二乗法、サポートベクトルマシン、ランダムフォレスト）を実験データに適用した。次に最も回帰精度が高かったランダムフォレストを使い、阻害されるべきキナーゼの推定を行った。その結果、3つのキナーゼを候補として上げることができた。

世話人：長﨑正朗

第27回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。
今回はNTTセキュアプラットフォーム研究所高橋克巳さんを講師としてお迎えし、「プライバシー保護データマイニング技術の動向と医療統計への応用」について講演していただきます。

プライバシー保護データマイニングとは、データを解析する際に、データは秘密
にしたまま実施する秘密計算技術です。機微性の高いデータについて、データを
解析する際に、データを見せることなく解析することができます。NTTセキュア
プラットフォーム研究所は、成人白血病治療共同研究グループ（JALSG）と共同
で、臨床研究データをはじめとする秘匿が必要なデータの安心・安全な活用を目
的とした、秘密計算技術を世界で初めて実証しました。本成果により、臨床研究
データを暗号化したまま統計分析を行うことが可能となり、その性能は実用化に
即した速度を達成しました。

・日時：平成25年4月26日(金)　17：00‐19：00
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access01.html
・演題：プライバシー保護データマイニング技術の動向と医療統計への応用
・講師：高橋克巳（NTTセキュアプラットフォーム研究所）

・要旨：センシティブなデータの情報処理を行うための技術、プライバシー保護データマ
イニング（PPDM）について概観し、さらにNTTで行われている研究を紹介する。
センシティブなデータを活用するためには、データのプライバシーを尊重した処
理技術が必要である。PPDMはこれらの技術の総称で、匿名化や暗号によるものが
代表的である。これらの動向を説明し、NTT研究所が共同研究で実施している医
療統計への応用（秘密計算）を紹介する。

・世話人：荻島創一

第26回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は東京大学医科学研究所 George Chalkidisさんを講師としてお迎えし、「遺伝子発現制御機序としての長鎖非コードRNAの情報理論分析」について講演していただきます。

・日時：平成25年4月19日(金)　17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access.html

・演題：Information Theoretic Analysis of Long non-coding RNA as a gene expression control mechanism
・講師：George Chalkidis ( Institute of Medical Science, The University of Tokyo)

・概要：An emerging theme from multiple model systems is that lncRNAs form
extensive networks of regulatory mechanisms that control the higher-order
organization of the transcriptome. The importance of these modes of
regulation is underscored by the newly recognized roles of long non-coding
RNAs for proper gene control across all kingdoms of life.
The means by which such lncRNAs regulate transcription are speculated to
encompass a diversity of mechanisms and the identification and
characterization of these mechanisms is an active area of research.
There will be 30-50 RNA-seq and TSS-seq data samples from human cultured
cells from various cell lines and various conditions. The objective will be
to discover potential control mechanisms and model them from small, noisy
samples. The Minimum Description Length Principle (MDL) together with the
maximal information coefficient (MIC) are particularly suited for that
task, because MDL shows excellent non- asymptotical performance in terms of
learning the statistics of finite size context sources from finite length
training data and thus enables the de-noising and correct model
identification even from small sample sizes. Furthermore, MIC is a powerful

novel dependency measure for two-variable relationships of the class of
maximal information-based nonparametric exploration statistics that
captures a wide range of associations both functional and non-functional
and provides a score close to 1 for functional and non-functional
relationships and score close to 0 for statistically independent random
variables.

・世話人：長﨑正朗

第25回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回はミュンスター大学のマカロウスキー先生を講師としてお迎えし、「脊椎動物のグロビンの進化」について講演していただきます。

・日時：平成25年3月15日(金)　17：00‐18：30
・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1 http://www.megabank.tohoku.ac.jp/info/access01.html
・演題：Natural history of vertebrate globins
・講師： Prof. Wojciech Makalowski ( Institute of Bioinformatics, University of Muenster)

・概要：　Globins are small heme proteins that bind various external ligands, such
as oxygen or nitric oxide, and they are found in all kingdoms of life.
Vertebrate genomes harbor seven different globin types, including prominent
hemoglobin (Hb) and myoglobin (Mb). Tetrameric Hb is present in
erythrocytes and transports oxygen via blood to the inner tissues. The
monomeric, muscle-specific myoglobin, on the other hand, stores oxygen,
enhances the oxygen diffusion to the muscle cells and detoxifies nitric
oxide. Five recent additions to vertebrate globin repertoire are cytoglobin
(Cygb), neuroglobin (Ngb), globin X (GbX), globin E (GbE) and globin Y
(GbY). It has been suggested that the GbE and Mb genes, as well as the GbY
and proto-Hb genes, are the paralogous products of tandem gene duplications
that occurred early in the evolution of vertebrates. In contrast, Ngb and
GbX derive from independent duplication events that occurred before the
split of Deuterostomia and Protostomia. To date little is known regarding
the functions of the novel globin proteins. I will focus on our recent
evolutionary studies of Ngb and GbX in which we demonstrated ancestry of
these two globins reaching dating back to origins of metazoans.

・世話人：山口由美、長﨑正朗

第24回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。

・日時：平成25年2月22日(金)　17：00‐19：00

・場所：東北大学青葉山キャンパス電子情報システム 応物系3号館303 http://www.eng.tohoku.ac.jp/map/?menu=campus&area=g&build=02

・演題： Allinea DDT/MAPを用いたMPI/CUDAプログラミング

・講師：イアン・ラム（Ian Lumb　Allinea社シニアシステムエンジニア）

・概要：ゲノム情報がシークエンシング技術の発展によりムーアの法則を超える勢いで情報化が進んでいる。これらのデータ解析には超並列での解析などが今後必須となる。このような超並列ソフトウェア解析において悩ましいのが並列化によるソフトウェアのデバッグの難しさである。本セミナーでは、欧米では著名な計算機センターで導入実績があり、また、国内では、筑波大学、高度情報科学技術研究機構(RIST)、宇宙航空研究開発機構(JAXA)などで導入されている、並列解析において簡便に使える並列デバッガの１つであるAllineaDDT/MAPの紹介を開発の実務担当者が行う。セミナーを通じて、現時点でできること今後の課題などについてデモを通じて紹介を行う。

世話人：長﨑正朗、成相直樹

第23回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますので
ご案内いたします。
今回は国立がん研究センター加藤護先生をお迎えし、講演していただきます。
皆様のご参加をお待ちしております。

・日時：平成25年2月8日（金）17:00～18：30

・場所：東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1

・講師：加藤 護（国立がん研究センター）

・演題：臨床シークエンシングのための次世代シークエンサー・プラットフォーム比較とコンピュータシステムの開発

・概要：　ICGC
（国際がんゲノムコンソーシアム）やTCGA（がんゲノムアトラス）などの大規模プロジェクトによってがんに特異的なDNA変異がカタログ化されているが、この成果を臨床現場とつなぐために臨床シークエンシングが実施されつつある。臨床シークエンシングとは、病院で得られた臨床サンプルを次世代シークエンサーで配列決定して、カタログと突き合わせて意味を取り、適切な抗がん剤の選択などを行う個別化医療実現のための枠組みである。国立がん研究センターでは来年度からの運用を目標に臨床シークエンシングのシステム開発を行っており、我々のユニットではシークエンスデータを処理するコンピュータシステムの開発と、Ion
Torrent,
HiSeq/MiSeqといったシークエンスデータの比較分析を担当している。今回のセミナーでは、現在進行中のこれらの話題について、我々の経験による各プラットフォーム・データの特徴や、適切なアルゴリズムの選択などについて論じたい。

・世話人：長崎正朗

インシリコ・メガバンク研究会第２２回の開催お知らせ
日時：１月１７日（木）１６：３０－１８：００

場所：東北大学医学部　メガバンク棟会議室１　２F

Affiliation: Department of Computer Science and Electrical
Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA
02139

Name: Tatsu Hashimoto (橋本龍範)

Title : A small set of transcription factors governs global chromatin
structure (一部の転写因子によるクロマチン全体の状態制御解析)

世話人：長﨑正朗