第16回「インシリコメガバンク研究会」:11月2日

「インシリコメガバンク研究会」の第16回(バイオインフォマティクスデータ解析サブワーキンググループ会議第3回)を11月2日(金)に行います。

疾患関係のデータベースなどの話となります。ご興味のある方はご参加ください。

演題:統合化推進プログラムにおける疾患関連多型・変異情報の情報共有化の取り組み
日時:11月2日(金)16:00-18:00
場所:星陵キャンパスメガバンク棟会議室1
日立製作所中央研究所:小池麻子

概要:近年急速に増加しつつある疾患関連多型・変異情報の散逸を防ぎ、研究者間でデータを共有化するために、我々のグループ(東大医・病院、遺伝研、日立中研)では、Human
variation/GWAS DB(https://gwas.biosciencedbc.jp/)を構築し、GWAS・NGS変異データの預け入れと再配布を行っている。これらのDBにおいてはGWASデータ、健常者や患者のSNVのみならず長配列の挿入/欠失、構造多型まで収集対象とし、日本人/アジア人の変異と表現型(疾患、薬剤応答、ウィルス耐性)との関係の体系化を目指している。本発表においては、実験手法・計算手法によるバイアス、疾患ごとの変異の特性について概観するとともに、独自に開発している配列解析・遺伝統計技術等についても紹介する。
世話人:木下賢吾

創薬研究のためのデータベース講習会のお知らせ: 11/3 開催

2012年11月3日(土)、平成24年度第2回データベース講習会「創薬研究のためのデータベース講習会」が開催されます。

詳細はhttp://hinv.jp/lecture/20121103.htmlよりご確認下さい。
講習会の中で、
長﨑正朗教授(ゲノム解析部門)、山下理宇准教授(ゲノム解析部門)、荻島創一講師(医療情報ICT部門)が講義を行います。

日 時 2012年11月3日(土)10:00-17:00(開場9:30)
場 所
東北大学星陵地区IT教育施設 (医学部4号館6階)
JR仙台駅よりバス約20分「大学病院前」下車
定員 50名
参加費 無料
参加申し込み方法
http://hinv.jp/lecture/20121103.htmlでご確認下さい。

問合せ先 :産総研・バイオメディシナル情報研究センター
分子システム情報統合チーム
データベース講習会事務局
E-mail : togo20121103-ml*aist.go.jp(*を@に変えてご連絡ください)
電話 03-3599-8808
主催 : 産業技術総合研究所
共催 : JSBi東北地域部会
後援 : 東北メディカル・メガバンク機構


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東北大医学部:長崎正朗教授 講義:10/19(金)

長崎正朗教授 がグローバルCOE 第8回Network Medicine特論にて講義を行います

日時:10/19(金)17:30~
場所:東北大学医学部5号館201号室
タイトル「高性能シークエンスデータのバイオインフォマティクス解析の現状と課題」
※学生に関わらず、是非ご参加し、活発にご討議下さい。

【講義要旨】
ゲノムデータ取得技術の進歩により全世界の研究者が一つのヒト参照ゲノムを作成した時代から十年、掌サイズのシークエンサを用い血液から簡単に大量のゲノムを読む時代、つまりゲノム超ビックデータ時代を迎える。
本講演では、次世代シークエンサデータの基礎的な一塩基多型、構造変異解析などのヒトゲノムリシークエンスバイオインフォマティクス解析の流れから、現状のリシークエンスデータの解析における課題点について概説する。また、演者の関わってきた国際共同研究である国際がんゲノムコンソーシアム(ICGC)プロジェクトで算出されているデータがどのような規模で、どのような方法を用いてスーパーコンピュータ上でデータ処理・管理を行っていたか、どのような時間スケールで解析を進められていたかについてICGCのバイオマーカー探索・開発チーム中川チームリーダーや東京大学医学部の小川誠司先生との全ゲノム解析やエクソーム解析で使われた計算リソースの経験を交えて紹介を行う

※詳細はNM-GCOEのHP(以下のURL)をご覧ください。
http://www.nm-gcoe.med.tohoku.ac.jp/event/20121019/index.html

インシリコ・メガバンク研究会のお知らせ:10/12(金)開催

geneXplainというソフトウェアを使って、どのようにして癌細胞に作用する薬の探索支援を行うかといった
事をテーマに、Dr. Olga Kelをお迎えしてお話いただきます。

Title: How promoters help to find new drugs Mechanisms of action of
RITA compound on cancer cells
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演者: Dr. Olga Kel
所属:Director Applied Life Science Informatics geneXplain GmbH
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時間:10月12日(金)15:00-16:00
場所: 東北メディカル・メガバンク機構 プレハブ棟2F会議室1
参加:自由
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長﨑正朗教授:セッション登壇のお知らせ :生命医薬情報学連合大会:10/16

生命医薬情報学連合大会
(2012年日本バイオインフォマティクス学会年会、情報計算化学生物学会(CBI学会)年次大会)にて行われる
セッション「東北メディカル・メガバンク計画:大規模3世代ゲノムコホートによる次世代ゲノム解析への挑戦」
にて、長﨑正朗教授が登壇を行います。

※このセッションは、参加無料・事前登録不要となっております。

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セッション日時:2012年10月16日(火)15時半から17時
セッション番号:S-5
会場:タワーホール船堀(東京都江戸川区船堀4-1-1)・研修室401
定員:84名
※このセッションは、参加無料・事前登録不要です。
セッションタイトル: 「東北メディカル・メガバンク計画:大規模3世代ゲノムコホートによる次世代ゲノム解析への挑戦」
Tohoku Medical Megabank Project: A challenge to the next generation genome biology by large scale genome cohort studies

オーガナイザー:木下賢吾教授(東北メディカル・メガバンク機構ゲノム解析部門)
講師:
栗山進一教授(東北メディカル・メガバンク機構 バイオバンク部門 部門長)
「ゲノムコホートとバイオバンク」
Genome cohort study and biobank
長﨑正朗教授(東北メディカル・メガバンク機構ゲノム解析部門)
「ゲノムコホートとスーパコンピュータ及びインシリコ解析戦略」
Genome cohort, super computer, and strategies of in silico analysis
安田 純教授(東北メディカル・メガバンク機構ゲノム解析部門)
「東北メディカル・メガバンク事業におけるゲノム・オミックス解析の展望」
Perspective of genome-omics analysis at Tohoku Medical Megabank Project

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場所

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長﨑正朗教授:講演のお知らせ:化学工学会第44回秋季大会

化学工学会第44回秋季大会にて長﨑正朗教授が招待講演を行います。

シンポジウムS-13 <生物情報学を活かす次世代工学の提言>

「ゲノム超ビックデータ時代における次世代シークエンスデータ解析環境の構築と解析」(講演番号B313)

ゲノムデータ取得技術の進歩により全世界の研究者が一つのヒト参照ゲノムを作成した時代から十年、掌サイズのシークエンサを用い血液から簡単に大量のゲノムを読む時代、つまりゲノム超ビックデータ時代を迎える。このデータをどう処理解析するか国際がんゲノムコンソーシアムやメディカルメガバンクの経験を基に講演する。

日 時 2012年9月21日(金)13:00~13:40
会 場 東北大学川内キャンパス
講義棟一階A棟
B 会場(A102)

2012年9月28日(金) 第13回インシリコ・メガバンク研究会のお知らせ

2012年9月28日(金)18:00- 第13回インシリコ・メガバンク研究会開催いたします。

演者:山田拓司先生 [ヒト腸内細菌叢から発見された3つの腸内タイプ]

日 時 : 2012年9月28日(金)18:00-

会 場 :東北大学星陵キャンパス 東北メディカル・メガバンク機構プレハブ棟2F会議室1

要旨:ヒト腸内には1000種100兆個体の細菌群が共生していると言われている。本研究ではそれら腸内細菌の組成が国籍や地理的位置関係に依存しない3つのタイプに大別できることを見出した。それぞれのタイプには独自の腸内細菌叢代謝系が構築されており、今後その代謝能力の差異が正確に定量化されていくことが予想される。

これからのテーラーメイド医療においてはゲノム情報だけでなく、腸内細菌叢の代謝能力診断が経口薬や食事の適正な選択という点において必須になっていくだろう。

長﨑正朗教授講義:第16回バイオインフォマティクス勉強会

第16回バイオインフォマティクス勉強会にて長﨑正朗教授の講義を行います。
テーマ:「Exome解析について」:
日時 2012年9月1日(土) 15:30~17:00
場所 東京都港区立商工会館 会議室(東京都立産業貿易センター 浜松町館6階)
地図 http://minato-shoukou.jp/access
定員 40名
テキスト代 お一人 1,000円(当日受付にてお支払いください)
#領収書の発行をご希望の場合は、お申し込み時に宛名をご連絡ください。「勉強会参加費」として発行させていただきます

詳細

http://amelieff.jp/news/benkyokai/benkyokai-16

7/10 新研究室合同説明会のご案内

東北メディカルメガバンク機構より、
今秋大学院生の受け入れ可能な研究室の研究室紹介と学生募集の説明会を行います。
長崎研究室も説明会に参加致しますので、ご興味のある方はぜひいらしてください。

参加対象者
大学院進学に興味のある方、学部4年生未満でも可

日時:2012.07.10
18:30~

東北大学星陵キャンパス 東北メディカルメガバンク棟 2階会議室

長﨑 正朗教授: ゲノミクスフォーラムにて招待講演 : 2012年5月30日(水)

2012 年 5 月 30 日(水)
長崎正朗教授がアジレント ゲノミクスフォーラムにて招待講演を致しました。
場所 東京  国際ファッションセンター(KFC)ビル

「エクソーム・トランスクリプトーム・全ゲノム解析に必要なスパコン計算リソース及び解析手法について」
東北大学 東北メディカル・メガバンクゲノム解析部門
長崎 正朗先生
http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1002303